文特尔研究所的科学家178微生物与人体相关的参考基因组序列

j·克雷格·文特尔研究所的研究人员,一个非盈利的基因组研究组织,发表了(连同其他成员的美国国立卫生研究院(NIH)人类微生物组启动参考菌株财团),目录178微生物参考基因组从人体分离。

财团的其他成员有:贝勒医学院人类基因组测序中心,Broad研究所,华盛顿大学基因组中心。这篇论文发表在5月21日出版的《科学》杂志上。

人体是住着各种各样的微生物物种。这个集体社区称为人类微生物组。这些微生物在人类健康和疾病中的作用仍然是相对未知的但可能非常重要。

美国国立卫生研究院人类微生物组项目启动于2007年,作为国家卫生研究院(NIH)的共同基金的医学研究路线图。这是一个1.57亿美元,五年的努力,将实施一系列越来越复杂的研究,揭示了微生物在人类健康的互动作用。

HMP启动财团已被指控犯有选择微生物菌株的序列从身体下面的网站:胃肠道,口腔、泌尿生殖/阴道呼吸道、皮肤和呼吸道;创建标准测序和注释;并确保科学界的快速发布信息。

联盟的目标是最终生产900参考基因组。到目前为止,集团生产和释放到公共领域239基因组。178基因组在这份出版物是完全注释和分析。大多数测序进行使用罗氏- 454测序平台以及一些传统Sanger测序。团队相比人类宏基因组数据的参考基因组测序在公共领域找到新的基因和蛋白质,以确定这些基因和分配函数宏基因组数据的物种。

从547968年的分析预测蛋白质,研究小组发现29987独特的蛋白质。这个数据集与随机选择的一个数据集的178年以前原核基因组测序发现公共数据库基因库和有更少的独特基因数据集比人类微生物组。这是一个独特的发现,表明有比以前更大的微生物多样性在人类微生物组。

小组发现一些新奇的基因功能独特的特定微生物菌株在参考基因集。该组织警告称,这是初步数据,更多的工作需要在基因功能,收集到的一些初步见解重要功能。

HMP参考基因组的主要目标之一是帮助解释和理解宏基因组数据。自从HMP参考基因组被隔绝人类和宏基因组数据集,该组织是不确定的,如果这些参考基因组将帮助确定宏基因组序列。然而,1680万年比较序列,研究小组发现62 HMP参考基因组序列招募了1130万名,其中,690万招募最密切HMP参考基因组序列。因此,具有高熔点参考基因组允许20 - 40%的宏基因组序列。

这一分析表明,高熔点的参考基因组帮助大幅人类微生物组的理解。然而,该组织还说,还有许多工作要做在微生物充分的理解,实现900年的目标参考基因组测序一个更完整的理解是必要的。

小组得出的结论是,虽然这初始目录集中在细菌,未来的工作将集中于增加真核微生物和病毒,因为这些都是发现在人类微生物组。,该集团将继续他们的工作在发展中测序unculturable标准菌株,菌株的选择标准,并提供在线访问这些大型数据集,在许多的问题。

通讯作者,同时,凯伦·e·纳尔逊博士说,“这是一个重大的研究,我们在正确的方向上理解的复杂与人体相关的微生物群,并概述了如何从这种关系中获益。我们将继续了解更多关于这些物种在健康和疾病的影响条件。“纳尔逊还补充说,该财团预计一些额外重要的出版物在不久的将来人类微生物组。