虚拟图书馆的100万个大环内酯物支架有助于加速药物发现

来自北卡罗来纳州立大学的研究人员创造了最大的大环内酯物支架公开可用的虚拟图书馆。图书馆-称为V1M包含100万大环内酯物的化学结构和计算性能支架与潜在使用抗生素或抗癌药物。

“作为化学家,我们只能看一小部分的实际化学宇宙,“说丹尼斯•Fourches化学助理教授数控状态和论文的通讯作者描述的工作。“如果我们试图合成和测试所有可能的个人感兴趣的化学物质,它会花太多时间和太昂贵了。所以我们必须使用电脑去探索那些未知的部分化学空间。”

化学家利用计算机的方法之一是通过使用枚举,或几乎产生,新的分子和比较他们预测属性的现有药物。在硅片筛选过程迅速而廉价地识别化合物具有理想特性的实验化学家可以合成和测试。

大环内酯类是家庭主要用作抗生素和抗癌药物的化学物质。他们独特的环形结构使它们绑定到困难的目标蛋白质。他们中的一些被认为是最后的药物,尤其是对耐药细菌。

“大环内酯类天然产物,”Fourches说。“这些化学物质是由细菌作为一种手段来杀死其它细菌的。但需要20到25化学步骤合成这些非常复杂的化合物,这是一个耗时和昂贵的过程。所以如果你想找到新的化合物,计算机仿真是迄今为止最快的方法。”

Fourches和他的同事创造了一个计算机软件程序称为PKS枚举器,产生非常大的图书馆虚拟大环内酯物的化学类似物的药物。软件使用提取一组18个已知化学成分生物活性的大环内酯类,把每一个分解成它的组成化学部分,然后调整它们来创建新的化合物根据一系列的规则和user-constraints。由此产生的新图书馆大环内酯类- V1M分类新化合物的大小,重量、拓扑结构和氢键给体和受体。

“我们想创造一个全新的虚拟库合成化学物质,可能没有人,但这些化合物仍需足够相似已知的大环内酯物药物为了让这个库相关的研究团体,“Fourches说。“V1M是第一个公共领域图书馆这些新的大环内酯类,这些都是化学类似于18个已知生物活性的大环内酯类我们分析。希望其他研究人员可以使用图书馆进一步筛选和确定一些化合物在药物发现可能是有用的。”

这篇文章被转载材料所提供的北卡州立大学。注:材料可能是长度和内容的编辑。为进一步的信息,请联系引用源。