酿酒葡萄代谢关键数据库中公布

植物代谢网络(http://www.plantcyc.org/),卡内基的植物生物学为基础,推出了四个新的在线数据库提供了一个前所未有的生化途径控制新陈代谢的玉米,大豆,酿酒葡萄,cassava-four作物植物的重要物种。新的数据库将作为科学家使用这些关键资源物种增加作物产量,提高生物燃料的发展,或者探索新的药物。

满足日益增加的对食物的需求,生物燃料和phyto-pharmaceutical生产需要全面了解酶的生化途径和监管网络,控制植物的新陈代谢。植物代谢网络的目的是为了促进这样的理解通过提供一个详细的,公司的化学反应发生在植物细胞。这些代谢反应包括那些二氧化碳和阳光转化为化学能,从土壤中基本矿物营养导入到植物根系,帮助植物抵御环境压力,否则让工厂维持生命。通过提供丰富的信息,植物代谢网络使努力阐明步骤知之甚少植物生化过程,以及发现独一无二的,以前无特征酶对植物很重要。

植物代谢网络的研究小组由植物科学家,科学的策展人,博士后学者,和实习生。它是由卡内基科学家苏Rhee。集团员工数量的方法来生成安置在每个数据库的信息,整合技术和概念从一个广泛的领域包括分子序列分析、人工智能、统计、植物分子生物学、植物生物化学。

团队创建了一个名为E2P2执行的计算管道是否发现在植物基因组测序,以迅速扩大的植物基因组和转录组序列数据到一个代谢框架。重要的是,管道允许一个一致的,系统的,和高吞吐量相关植物基因组数据的分析方法。生成的数据管道使用科学文献严格审查,确保每个发布数据库的质量。十多个数据库将在今年晚些时候即将到来。玉米、大豆、酿酒葡萄和木薯被选为提前释放,因为各个地区的经济和农业的重要性。

“酿酒葡萄是加州的一个重要作物;玉米和大豆是一号和美国两种作物,既是食品和生物燃料的来源;木薯称为树薯和yuca-is全世界三十九的食物来源之一,一个非常重要的作物对抗饥饿,“Rhee博士说。“这就是为什么我们决定释放这些植物的数据库,甚至在我们开始之前准备一份手稿描述这项工作,帮助研究人员开始改善生产和这些重要的作物的产量。”