评估使用肿瘤标本外微环境免疫原性:Co-detection TcR-α/βV (D) J重组与PD-1Expression有关

t细胞受体(TcR)起可以从肿瘤标本中恢复过来,全外显子组(WXS)文件。然而,尚不清楚这些火柴代表淋巴细胞或抗肿瘤免疫反应。这里我们报告生产TcR-β再组合的识别在WXS文件代表小学和转移性黑素瘤。起识别在大约20%的癌症基因组图谱黑色素瘤样本。这个频率检测的频率低于TcR-αVJ起,一致的发生biallelic TcR-α起并可能符合事实只有一个交叉的复合TcR-α而需要两个重组需要形成一个TcR-β基因。然而,生产TcR-β比非生产性TcR-β样本,相比的比率有生产力的领域转向了无生产力的TcR-α或TcR-γ阳性样品,非常高。这一结果表明,检测的高效TcR-βVDJ重组是一个较高标准的潜在抗原绑定能力使用肿瘤标本外显子组文件评估。此外,PD-1表达式和抗原呈递功能相关的co-detection TcR-α并且-β再组合(例如,p < 0.0004),表明co-detection TcR-α和-β代表anti-melanoma反应迟钝的火柴的出现PD-1表达式。我们进一步表明,该算法检测TcR-βVDJ起适用于外显子组文件从老鼠组织生成,从而提供机会发展实证范式解释识别TcR V (D) J重组的组织居民淋巴细胞。