定量蛋白质组学应用的自动样品制备工作流程

方法
使用DML的裂解后标记允许对所有组织样本进行快速分析和定量，而不需要代谢纳入同位素标签。与同位素标记氨基酸(SILAC)的昂贵和耗时的标记相比，这是一个优势，同时允许在散弹枪实验中使用MS1信号进行相同的量化步骤。蛋白质被消化成多肽使用我们的自动ISD方法在一个PAL RTC机器人系统。多肽以96孔格式进行标记，其中PAL RTC将标记试剂转移到样品板上，随后进行潜伏期。磷酸肽(PP)通过96孔板进行富集，板上装有过滤器，将氧化钛珠与真空室相结合。

初步的数据
船舶柴油废气颗粒对沿海地区的影响越来越大。这些颗粒可以携带不同的化学负荷，如果它们到达肺的肺泡部分，就会被细胞吞没。在这里，碳芯和化学负荷会对肺细胞和组织的健康产生严重影响。利用在船用柴油机上收集的气溶胶颗粒培养细胞，通过代谢SILAC或DML标记来表征生物反应。为了最小化实验变化，两个样本集(每组6个重复)都在基于PAL RTC的自动设置上进行处理。我们的定量蛋白质组学数据表明，SILAC和DML都可以得到很好的定量数据。由于多肽在DML过程中的化学修饰，色谱分离以及多肽的电离发生了变化。这引出了两个深层数据集。生物信息学分析表明，这两种技术是相辅相成的，因为在两个实验中都识别出了不同的肽。