牛RNA-seq肝脏和脑垂体的数据分析

一个实验设计代表年轻的公牛三牛品种在三个不同的发育年龄排序在上下文中使用Illumina公司NextSeq牛的身体生长和发育特征的平台。得到了大约40 - 50百万paired-end读取每库(n = 36)。对于每一个组织,18个品种繁育和年龄dependent-specific库测序。使用一个计算管道、组织记录映射到牛参考基因组(UMD3.1组装)。映射工具(https://github.com/alexdobin/STAR/releases)是用来读取参考牛基因组一致。转录组的结果映射肝在波兰红牛显示98.88%映射读取(400453035地图的读取400453035)和转录组的映射在赫里福德牛脑垂体显示97.80%映射读取(337471226地图读取345069302)。然而,成对的最终成绩单脑垂体(赫里福德)和肝脏(波兰红色)正确配对@分别为82.22%和79.56%。研究提供了一个了解牛脑垂体的组织特定的信使rna含量和肝这将最终促进未来实验trait-associated研究来解开假定的est序列和/或因果snp对牛的身体生长和发育过程。