设计考虑的非常具体和有效的合成crRNA分子

为了了解影响CRISPR-Cas9基因编辑效率的参数,我们系统地转染合成CRISPR RNA (crRNA)和trans-activating CRISPR RNA (tracrRNA)试剂目标组件的蛋白酶体成一名记者细胞系基因敲除的蛋白酶体功能结果在ubiquitin-EGFP荧光融合蛋白,通常是由蛋白酶体降解途径。我们评估> 1100 crRNA序列的功能在本系统;使用这些数据,我们开发和训练算法根据他们如何能够得分crRNAs生产功能性目标基因的敲除。我们进一步测试了我们的算法通过设计合成crRNAs基因与蛋白酶体和敲除基因检查了他们的能力函数使用额外的表型分析。增加功能的算法,我们开发了一个优化校准程序执行快速,灵活,和完整的特异性crRNAs分析,包括检测缺口对齐。我们结合这个全面的特异性检查和功能算法选择和分数非常具体和功能性crRNAs对于任何给定的目标基因。