离子激流下一代测序电阻相关变异基因型和检测准确的丙肝病毒和艾滋病毒

背景:resistance-associated突变的检测是建立在艾滋病毒艺术(drm)和正越来越多地用于丙型肝炎患者选择治疗(红光)直接作用抗病毒药物(DAAs)。DAA治疗和常规interferon-based治疗精确测定HCV基因型(GTs)是至关重要的。桑格测序有公认的局限性在灵敏度和周转时间。门店提供了出色的精度、速度和灵敏度使检测罕见的突变体,丙肝病毒亚型以及混合感染。

目的:开发改进检测临床相关病毒突变使用基于离子激流门店在一个自动化的工作流。

材料与方法:我们使用门店结合工作流自动化新开发平台上基于情感5075系统(埃普多夫,德国)组成的一个连续的机械过程从样品提取和rt - pcr紧随其后的是自动化图书馆准备、离子激流深度测序,直接在线数据分析来确定HCV基因型和红光以及drm在艾滋病毒。我们使用从HCV NS3目标序列,NS5A和NS5B区域。艾滋病毒序列的逆转录酶、蛋白酶和整合酶是上天选定。

结果:我们报告结果的评价研究在200年>丙肝病毒血清HCV基因分型结果与线性探针测定比较。两种情况的混合GT感染检测。确认门店之间的不一致的结果和线探测Sanger测序表明100%准确的GTs的门店,而在一些情况下线性探针结果将会导致次优的选择治疗方案。艾滋病毒的初步研究(n = 112例),比较挥动TruGene测序圣淘沙岛平方艾滋病毒基因分型结果分析发现100%(199/199)的蛋白酶基因的突变和更多,有98%在逆转录酶基因突变(427/435)。

结论:鉴于精确测序分析的关键作用在丙肝病毒和艾滋病毒治疗管理,工作流自动化门店表现为一个高度可靠的区分丙肝病毒GTs和红光的工具,它可以帮助防止诊断错误可能导致次优的治疗。

考虑到艾滋病患者的drm的关键作用在HAART圣淘沙岛平方艾滋病毒基因分型工作流出现作为一种有价值的新工具检测临床相关的艾滋病毒变种。桑格相比,由于其高灵敏度相对较短的周转时间的基础系统和工作流提供了相关改进艾滋病毒DRM两天检测。