一个新的等离子体质量控制分析
IBBL人员(综合生物卢森堡)和卢森堡系统生物医学中心(LCSB)卢森堡大学的调查的影响在血液样本处理过程中温度的变化和延迟对下游代谢组学的应用。基于这些结果,他们开发了一种质量控制(QC)分析将使研究人员能够评估他们是否适合血浆样品的质量和代谢组学研究。(1)
确保他们使用生物样品质量的分析,研究人员依赖于两个主要选项。对于研究与潜在样本集合,他们可以使用标准操作程序(SOP),涵盖所有pre-analytical步骤。开始前的样本集合,这些程序应该为他们的鲁棒性和再现性验证。此外,这些样品应该加注SPREC(标准PRE-analytical代码),这使得任何研究者使用未来的样品追溯PRE-analytical步骤。
或者,如果研究人员希望利用现有的样本收集与SPREC因此不带注释的未知的质量,他/她可以使用质量控制(QC)化验。有成千上万的这些遗留集合存储在生物银行和实验室都在世界各地。这些遗留收藏有巨大的潜在价值,如果适当的质量控制检测是否存在这些样本质量足够好供研究人员使用他们不可能妥协的结果。而许多QC分析已经被描述(2),有大的差距和QC评估特定的样本类型和特定的下游应用程序不可用。
互补的技能
研究小组的主要目的在IBBL(综合生物卢森堡)是研究pre-analytical变化对下游的影响的分析和发现和验证标记biospecimen质量控制。QC标记项目之一,IBBL与卢森堡的代谢组学研究小组系统生物医学中心(LCSB)大学的卢森堡受益于其补充专业知识和开发下游代谢组学应用等离子体质量控制分析。由于其下游的基因组学、转录组和蛋白质组学应用,代谢组学是敏感地捕捉收集样本的变化。
此外,产生的代谢物进行快速动态变化pre-analytical变化。合作项目是jean - pierre博士的一部分Trezzi Fay Betsou博士,共同领导的首席科学官IBBL和卡斯滕博士希勒,LCSB的代谢组学集团的首席研究员。他们一起着手调查pre-centrifugation条件的影响,更具体地说延迟和温度变化,目的适当性的代谢组学分析与开发质量控制的最终目标为EDTA血浆样本用于代谢组学研究分析。
的LacaScore
团队从IBBL LCSB被国际社会的成员加强生物和环境库(isb) Biospecimen科学工作小组,最近在代谢组学杂志上发表了他们的结果。他们最初的实验显示,如果你一直推迟血液样本前处理60分钟以下,没有真正对代谢物的影响。然而,即使在这么短的时间段里,血样保存的温度有很大的区别:20%的代谢物水平的改变取决于样本存储在冰或在室温下。因此,作者建议样品用于代谢组学研究保存在冰和处理不超过3小时。
项目的第二阶段,研究者们扩大了延迟3个小时。他们开发了一种质量控制分析的基础上,最重要的是改变代谢物。LacaScore,作者称他们的分析,是基于抗坏血酸的比例在血浆乳酸水平。而抗坏血酸水平减少样品处理延迟的时间越长,乳酸增加。样品的质量与低LacaScore相当于pre-centrifugation延迟在室温超过3 h,使样品不适合代谢组学分析。
结果是在两个独立的验证数据集从Serotheque舟状骨的日内瓦大学医院和综合生物耶拿(IBBJ)。此外,试验验证样本“极端情况”下,在这种情况下样本运行semi-marathon的捐赠者,因为剧烈的身体活动是提高乳酸水平,因此可能会干扰测定。
更多的来
LacaScore证明有88%的诊断准确率识别样本与妥协pre-analytical条件。它是这样一个奇妙的新QC工具为代谢组学研究人员和生物银行采用与实际实验之前,以避免浪费时间和资源。的确,这是一个特别重要的概念,当申请拨款,评价者要看到样品研究员打算利用实际上是合适的。LacaScore背后的研究者对他们来说继续工作的发展其他质检化验。IBBL有几个QC检测管道的未来几年,例如DNA提取的质检化验FFPE组织和血液质量控制检测基因表达研究。
•LacaScore:一种新型等离子体样品质量控制工具基于抗坏血酸和乳酸levels.-P。Trezzi,大疱,c . Bellora m .玫瑰,p . Lescuyer m . Kiehntopf k .希勒Betsou。代谢组学,12卷,问题6,页面:1 - 11
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