Bio-Rad的ddPCR™证明高度重现在临床样本的识别病毒RNA基因突变

这是第一篇论文直接比较ddPCR技术与多路复用RT-qPCR化验使用相同的反应混合和自行车等协议,所有变量都保持不变,除了平台(实时PCR或数字PCR)。

“这是第一篇文章概述了一个优化策略和相关数据运行多路复用实验使用ddPCR技术,”肖恩·泰勒说,应用科学家Bio-Rad和论文的第一作者。

敏感的检测病毒突变

很多情况下会导致削弱免疫系统,使人体更容易受到病毒感染。知道是否感染发展抵抗某些药物提供最佳的治疗是关键。这样的阻力通常可以从单一发展,自发的点突变的病毒RNA。

使用一个突变体和野生型病毒RNA的混合物纯化从2009年流感病人,Bio-Rad科学家和合作者的楚de魁北克拉瓦尔大学医院隶属于(加拿大)表明,ddPCR技术显著提高了灵敏度(> 30倍)和精密(> 10倍,p < 0.05为国米,intra-assay可变性)突变的丰度量化RT-qPCR相比。一个简短的视频大纲技术方面的文章可以在这里下载。

因为滴数字PCR是基于绝对量化,可以消除大部分的内在变化规律RT-qPCR,依靠相对量化。两个独立的研究人员发现了一个显著相关性与RT-qPCR ddPCR数据集没有发现,允许人口剩余变异病毒的准确识别。

追求病毒学的精确诊断

家伙Boivin拥有加拿大研究主席在流感及其他呼吸道病毒,领导了这一研究。Boivin的实验室发展诊断与改善精度和早期检测流感亚种群增长能力抵抗奥斯他韦(达菲)。

“流感病毒的研究,尤其是转化研究,需要快速和可再生的方法,“Boivin说。“我们计划使用滴数码PCR遵循命运的免疫功能低下的患者抗病毒治疗。”

流感的许多病毒只有一个将受益于早期检测。这个ddPCR-optimized方法可以应用于研究艾滋病和肝炎等病毒的变异种群。

“我们的方法是一种实用的协议,研究人员应该遵循,确保高水平的信心,他们的数据,”泰勒说。

“希望这将引发更多的兴趣在病毒学帮助科学家在其他领域学习如何优化ddPCR实验和收获技术的全部好处。”