Bruker宣布新的血浆蛋白质组学软件和交联耗材
在第17届美国HUPO虚拟会议(US HUPO 2021)上，布鲁克公司(纳斯达克代码:BRKR)宣布了在深度、无偏差血浆蛋白质组学方面的几项合作的进展，利用了timsTOF Pro系统上4D蛋白质组学的速度、灵敏度和动态范围。
来自科罗拉多大学Anschutz医学中心的Kirk Hansen教授将于3月9日(星期二)美国东部时间下午2点在美国HUPO举行的Bruker虚拟研讨会上发表新的研究成果。美国HUPO会议需要注册参加现场活动。汉森博士将介绍COVID-19感染患者血浆蛋白质组的研究，以及创伤患者血浆蛋白质组变化的大队列比较。
汉森博士的研究揭示了急性损伤和疾病状态下的蛋白质动态，每个样本有数万次测量。运行更大的临床队列正在阐明分子关系和机制的理解，这有可能远远超出目前的诊断。
Hansen教授评论说:“我们最近才重新进入血浆蛋白质组学领域，主要是因为timsTOF Pro的速度、灵敏度和吞吐量。加上Evosep One，该系统提供了我们几年前无法实现的可靠性和吞吐量。”
2021年初，Bruker宣布了Mann-group的一篇突破性论文，该论文展示了无偏见的、定量的真正单细胞蛋白质组学，以解决单细胞生物学和病理生物学中的重要问题(www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.22.423933v1)。Bruker打算在2022年初推出一种高端、专用的单细胞timsTOF系统，用于无偏倚、定量的单细胞蛋白质组学。
Bruker最近宣布了Mann & Theis小组关于大规模肽碰撞截面(CCS)测量和机器学习对4D蛋白质组学的好处的新自然通讯出版物。利用深度学习，现在可以预测来自任何生物体的任何肽的CCS值，形成先进的4D蛋白质组学工作流程的基础，充分利用额外的肽CCS第4维。
一个。实时蛋白质组学搜索
Bruker发布了其PaSER软件v.1.1, Bruker Daltonics蛋白质组学业务开发总监Chris Adams博士将于3月9日在美国HUPO研讨会上介绍该软件。PaSER是基于gpu的，在Bruker收购IP2软件的基础上，可以实时搜索蛋白质组学数据库。“PaSER”代表实时并行搜索引擎，在gpu上进行并行多线程搜索，以获得通常比数据采集更快的结果。这允许“运行&完成”高通量4D蛋白质组学，一旦实验完成，就可以使用已识别的肽和蛋白质组。
除了性能增强外，PaSER 1.1还包括4D数据的可视化，包括MOMA功能和搜索结果。4D蛋白质组学的一个强大功能是迁移量偏移质量校准(MOMA)分析，其中共洗脱异构或等压离子，在典型的3D蛋白质组学中无法区分，通过大规模精确碰撞截面(CCS)的迁移率分离来解决。
B。结构蛋白质组学和蛋白质-蛋白质相互作用的交联
Bruker宣布发布用于蛋白质化学交联(XL-MS)的新耗材和软件，用于研究蛋白质结构和相互作用。由Albert Heck和Richard Scheltema团队开发的PhoX交联剂获得了乌得勒支大学的许可，将于今年春天在Bruker上市。PhoX是一种具有磷酸盐基团的可富集交联剂，可以使用金属珠亲和纯化从XL-MS反应产生的复杂混合物中纯化。这种富集极大地增强了检测交联肽的能力，Albert Heck、Richard Scheltema和Bruker小组的合作工作表明，使用caps-PASEF的TIMS分离可以增强交联检测(MCP, 2020jul 2020, 19(10):1677-1687)。布鲁克还将在弹簧上发射3个可解理交联剂，这是一些研究小组的首选，因为在MS/MS实验中，交联剂的解理会产生易于检测的特征质量差异。
化学交联数据非常复杂，需要自动化分析软件。德国马普研究所的Juergen Cox教授团队开发的流行MaxQuant软件的新版本也支持对timsTOF Pro系统的XL-MS数据的分析。它正在进行beta测试，预计将于2021年4月发布，以利用4D蛋白质组学进行XL-MS工作。
C。深层无偏血浆蛋白质组学研究进展
最近，几个研究小组使用各种方法在血浆蛋白质组学方面取得了令人兴奋的结果。
2021年2月，牛津大学纳菲尔德医学系目标发现研究所的罗曼·费舍尔教授在《基因工程与生物技术新闻》(genengnews.com)上发表了“大流行期间的高通量蛋白质组学”。Fischer博士讨论了来自不同疾病严重程度的COVID-19患者、健康对照组和患有其他疾病(如败血症)的患者的数百个未耗尽血浆样本的高通量4D蛋白质组学。
同样在2021年2月，来自德国普莱蛋克OmicEra诊断有限公司的研究人员在MedRxiv上发表了一篇手稿《COVID-19的高分辨率纵向血清蛋白质组轨迹揭示患者特异性血清转化》，其中使用高通量4D蛋白质组学对31名患者进行了平均31天的纵向跟踪。这项研究使用了OmicEra的自动化蛋白质组学管道，结合Evosep One色谱系统，运行21分钟的梯度，以实现每天60个样品的吞吐量。
使用该方法，OmicEra在单个timsTOF Pro上运行720个未耗尽的血清样本12天，共定量了502个蛋白质。有116个蛋白的表达量发生了变化。在美国HUPO, Bruker发布了我们与OmicEra合作工作的血清蛋白质组学应用说明。
在2021年美国HUPO大会上，Seer (www.seer.bio)将展示与Bruker合作的海报，展示Seer工程纳米颗粒与TIMS/PASEF方法结合的独特功能。总之，该策略通过90分钟DDA nanoLC-TIMS-MS/MS方法鉴定> 1700个蛋白质组，实现了无偏倚、深度和快速的血浆蛋白质组分析。Seer Proteograph产品套件与TIMS/PASEF方法的结合，首次为几乎所有实验室提供了无偏见和深度蛋白质组学的可扩展解决方案。
Bruker Daltonics蛋白质组学业务开发总监Chris Adams博士表示:“看到血浆蛋白质组学领域最近的快速发展是值得的，我们预计该领域在液体活检多组学转化研究和生物标志物验证方面将迅速增长。TIMS/PASEF方法的吞吐量、鲁棒性和独特的4D蛋白质组学选择性和敏感性优势使这些深层无偏血浆蛋白质组学取得了进步。”
