CLC生物发布下一代测序数据分析解决方案

CLC生物已经发布了他们的新下一代测序(上天)解决方案,CLC基因组工作台,融合了尖端技术和算法,同时也支持和整合与其他典型的门店工作流程。

CLC基因组工作台是第一个全面分析包可以从所有主要门店分析和可视化数据平台,如固体应用生物系统公司,454 GS flx罗氏应用科学,Solexa Illumina公司,和HeliScope Helicos。

CLC生物科学解决方案主管,罗尔德·Forsberg博士,博士说:“我们着手克服两大挑战在分析下一代测序数据。一个是消除瓶颈分析通过分析门店数据比它快。我们克服了通过实现加速组装算法在CLC基因组工作台初步基准测试确认是一个非常快速组装算法。其次,我们要提供用户友好的软件使强大的门店分析软件可用于生物医学研究人员。”

在基准测试中,CLC生物已经组建了一百万454读取完整的E。杆菌参考基因组在双核电脑上2分钟有1 gb RAM。这种加速,基于集成SIMD高性能计算技术,增加更多的使用电脑时更多的cpu核和RAM。CLC生物预计将发布一个基准白皮书在不久的将来。

CLC基因组工作台1.0“配对”数据的充分利用,并支持许多特性和工作任务,如参考基因组的组装,新创的基因组,SNP检测使用先进的模型,多路复用和高通量减少。

已完成的第一个版本CLC基因组工作台,CLC生物已经追求一个雄心勃勃的发展路线图,这将提高未来的软件特性,比如数字基因表达、宏基因组,EST和cDNA序列的聚类和组装,下游大量的基因组学和转录组分析,和工作流的支持。