利用scRNA-seq探索膀胱癌的个性化治疗
Iver Nordentoft副教授
Dolomite Bio系统正在帮助丹麦奥胡斯大学医院分子医学系的研究人员探索单细胞RNA测序在膀胱癌个性化治疗中的潜力。Iver Nordentoft副教授解释说:“我们的重点是转化研究，以获得对膀胱癌的更深入了解，识别和验证可以帮助个性化医疗的分子标记。在早期膀胱癌中，主要的临床挑战是预测疾病复发、侵袭性和治疗反应。
“以前，我们使用下一代测序(NGS, DNA-和RNA-Seq)进行癌症基因组学研究，但我们现在正在进入单细胞领域，进一步研究肿瘤异质性，无性性和肿瘤微环境。基于ngs的大块肿瘤RNA分析确定了预测不同疾病结果的三个主要分子群，我们现在正在使用scRNA-seq系统来确定这些分子亚群的特定细胞类型贡献。换句话说，特异性免疫细胞在侵袭性肿瘤中是表现过度还是表现不足?此外，在明显正常的膀胱组织中，细胞类型组成的表征也可能有助于分子工具和临床应用管道的发展，以预测疾病可能的侵袭性和复发频率。”
“我们已经考虑将单细胞测序应用于这一应用有一段时间了，意识到Macosko论文中描述的Drop-Seq协议的潜力。我参加了Dolomite Bio公司的scRNA-seq系统的演示，觉得它很有前途，也很喜欢这家公司，所以我们为实验室买了一个系统。我们的研究团队决定选择一个尽可能开放的平台，以适应新的发展和不断变化的实验室需求，这是选择Dolomite Bio系统的主要原因之一。开放式设计有助于该系统的未来保障，使我们可以选择在未来运行新兴协议——例如DroNc-Seq对单核的高通量测序。我对Dolomite Bio提供的系统和支持感到非常满意。”
1.Macosko, E等人。使用纳米升液滴对单个细胞进行高度平行的全基因组表达分析。中国生物工程学报，2015,31 (4):344 - 344
“以前，我们使用下一代测序(NGS, DNA-和RNA-Seq)进行癌症基因组学研究，但我们现在正在进入单细胞领域，进一步研究肿瘤异质性，无性性和肿瘤微环境。基于ngs的大块肿瘤RNA分析确定了预测不同疾病结果的三个主要分子群，我们现在正在使用scRNA-seq系统来确定这些分子亚群的特定细胞类型贡献。换句话说，特异性免疫细胞在侵袭性肿瘤中是表现过度还是表现不足?此外，在明显正常的膀胱组织中，细胞类型组成的表征也可能有助于分子工具和临床应用管道的发展，以预测疾病可能的侵袭性和复发频率。”
“我们已经考虑将单细胞测序应用于这一应用有一段时间了，意识到Macosko论文中描述的Drop-Seq协议的潜力。我参加了Dolomite Bio公司的scRNA-seq系统的演示，觉得它很有前途，也很喜欢这家公司，所以我们为实验室买了一个系统。我们的研究团队决定选择一个尽可能开放的平台，以适应新的发展和不断变化的实验室需求，这是选择Dolomite Bio系统的主要原因之一。开放式设计有助于该系统的未来保障，使我们可以选择在未来运行新兴协议——例如DroNc-Seq对单核的高通量测序。我对Dolomite Bio提供的系统和支持感到非常满意。”
1.Macosko, E等人。使用纳米升液滴对单个细胞进行高度平行的全基因组表达分析。中国生物工程学报，2015,31 (4):344 - 344
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