独立研究验证生物Rad的液滴数字™PCR技术分析档案癌症样本

他们的研究结果发表在转化医学。

“癌症研究社区准确识别和描述非常感兴趣基因扩增和其他拷贝数变化,因为他们是理解和治疗人类癌症的关键组成部分,“Hanlee博士说,医学博士,主任研究小组。“使用ddPCR,我们证明了这种方法的优越性的DNA拷贝数分析档案材料。”

某些拷贝数变化(CNVs)被称为基因组扩增可能导致特定致癌基因的超表达驱动癌症发展。针对放大致癌基因可以让我们更接近长期个性化治疗癌症治疗。

检测放大在癌症组织技术挑战性的原因有两个。一个是正常组织被稀释基因组扩增的存在。另一个是临床样本通常是低质量的,因为他们是传统加工formalin-fixed,石蜡包埋组织(FFPE)。这种保存方法导致不可逆转的损害的基因组DNA。更敏感的方法评估因此需要克服FFPE样本中的DNA质量差,检测肿瘤DNA的小分数。

Bio-Rad QX100系统分区样本到20000年滴个人PCR反应。这个分区减少背景干扰,提供了一个更可靠的测量目标序列在一个复杂的示例。因此,测量精度不受次优FFPE样品PCR条件比不太敏感的方法。

研究发现

霁博士和数字生物学中心研究人员测试了QX100系统,以确定其有效性检测癌症基因扩增FFPE癌症组织样本。他们稀释胃癌基因组DNA包含FGFR2gene放大在减少比率与正常的基因组DNA样本。他们的分析证实了准确性、重现性和敏感性的ddPCR量化FGFR2-amplified基因即使有1000倍稀释与正常基因组DNA。

研究人员然后比较qPCR和ddPCR方法测量FGFR2基因扩增。他们确认存在一个大约七倍放大的FGFR2轨迹在一个使用ddPCR FFPE-processed胃肿瘤。放大是非常相似的价值决定使用微阵列分析“匹配”瞬间冷冻样本。相比之下,qPCR FFPE相同的肿瘤样本分析发现35的拷贝数估计,证明ddPCR比qPCR准确确定拷贝数变异在这些FFPE-derived样本。

“我们能够证明ddPCR提供所需的灵敏度检测基因组扩增在档案材料,“霁博士说。“现在我们可以进行各种各样的基因组研究使用QX100系统,无法使用传统的方法已经完成,如实时PCR。”