MatBase:一个新转录因子的知识库

Genomatix软件GmbH是一家私人控股公司提供的软件、数据库和服务,旨在了解基因调控在分子水平上已经发布了MatBase知识库的转录因子(TF)。

它包含基因组TF结合位点和蛋白结合域,相关文献,超过27.000 TF,基因相互作用,实验验证复合物与其他TFs(子模块),和体重矩阵描述TFs的DNA结合位点。

相比其他可用TF数据库,每个条目在MatBase彻底测试的质量和可用性泛函分析的DNA监管区域。

“我们已经开发出我们的内部TF数据库现在十多年了”,说Kornelie Genomatix法国人?´的生物数据库。

对所有下游分析“质量是至关重要的。我们的质量标准是成功的关键MatInspector,事实上的黄金标准基因启动子的分析,利用今天世界各地的31000多名科学家。

超过80%的1000个碱基对的矩阵匹配不到一次随机的DNA序列,”她继续说。

MatInspector采用权重矩阵描述作为执行包含在MatBase TF结合位点搜索监管的DNA序列。每一个矩阵优化最小数量的假阳性结果的非监管的DNA。

MatBase单独或结合MatInspector,通过WWW或当地内部安装。