新的合作旨在开发研究蛋白质结构和相互作用的质谱方法

Bruker公司宣布与乌得勒支大学合作，通过质谱技术推进蛋白质的三维结构和相互作用的研究。乌得勒支大学Albert Heck实验室二十多年来一直是蛋白质组学和质谱研究蛋白质结构和相互作用的领导者。Richard Scheltema最近加入乌得勒支大学，担任小组负责人，专注于结构和相互作用蛋白质组学的交联质谱(XL-MS)。

合作工作将集中在TIMS(俘获离子迁移率光谱)和PASEF(并行积累串行碎片)方法的开发，以及用于timsTOF Pro 4d -蛋白质组质谱的交联剂和XL-MS软件，以利用其独特的大规模、精确的CCS工作流程。这些已在章节中描述过纸发表在分子和细胞蛋白质组学．

Bruker计划将合作的结果作为使用XL-MS研究蛋白质结构和相互作用的集成解决方案商业化。将Heck和Scheltema开发的新型可富集PhoX交联剂与timsTOF Pro平台上PASEF方法的极高速度和灵敏度相结合，可以发现更多的交联产物，从而获得更多关于蛋白质结构和相互作用的信息。先进的分析软件是关键，因为XL-MS数据比典型的鸟枪蛋白质组学实验更复杂，信息更丰富。Scheltema公司正在致力于使创新的XlinkX软件能够处理TIMS/PASEF数据，并将其提供给timsTOF Pro用户社区。

乌得勒支大学的Albert Heck评论说:“我们很高兴与Bruker合作，进一步开发XL-MS的工作流程，利用PASEF的速度和独特的大规模、准确的CCS数据来增强XL-MS的交联检测。我们对发表在《分子和细胞蛋白质组学》上的初步结果感到兴奋，并期待着进一步推进XL-MS。我们还对timsTOF Pro上的离子迁移分离和CCS在糖蛋白组学和自上而下蛋白质组学中的其他应用感兴趣。”

布鲁克蛋白质组学副总裁Gary Kruppa博士说:“2001年，我个人在桑迪亚国家实验室参与了XL-MS的一些概念工作，我相信赫克的团队所取得的进步将使这项技术更常规地用于使用timsTOF Pro的结构生物学研究。我们与乌得勒支大学的合作将加速XL-MS在更广泛的结构和相互作用蛋白质组学社区的采用。”

乌得勒支大学的Richard Scheltema说:“我的团队打算推动PASEF的边界，通过使它们能够感知ccs来增强XL-MS工作流。我们在生物信息学方面进行了重大的持续努力，使用我们的XlinkX软件分析XL-MS数据。我们很高兴能够与XlinkX中timsTOF Pro的开放数据格式架构合作，开发可以使用大规模、准确的CCS值来识别交联的代码，并进一步提高错误发现率(FDR)的计算。”