PacBio和堪萨斯城儿童慈善组织扩大合作，采用多组学方法来描述罕见疾病
PacBio是一家高质量、高精度测序解决方案的领先提供商，今天宣布与美国顶级儿科医疗系统之一的堪萨斯城儿童慈善机构扩大研究合作，将PacBio的Sequel IIe系统的多组学功能用于遗传疾病的研究。该研究将在研究中应用直接甲基化检测和Iso-Seq™全长RNA测序。更好地了解罕见疾病的遗传基础可能最终有助于提高诊断率，并有可能加强对患者的护理。儿童慈善基金会是使用PacBio基因测序技术的领导者，自2020年以来已测序了近1000个样本。
PacBio总裁兼首席执行官Christian Henry表示:“我们与儿童慈善机构的持续合作是PacBio技术在广度、深度和规模上得到应用的一个很好的例子。”“我们相信Sequel IIe系统提供了世界上最好的基因组，并能够提供最完整的甲基组和全长RNA亚型测序。对这些丰富的多组学信息进行分层，可能会更好地了解罕见疾病的遗传基础，并为一些家庭提供答案。”
自2020年以来，儿童慈善一直在使用PacBio的HiFi技术进行人类全基因组测序(WGS)。他们最近发表在医学遗传学(Cohen 2022)描述了HiFi测序发现的罕见编码结构变异是短读测序的四倍，包括导致疾病的变异。这项新的合作旨在通过研究潜在检测罕见疾病的新方法来建立在这一成功的基础上。
PacBio最近改进了其Sequel IIe系统，以检测人类基因组中的DNA甲基化，而无需额外的成本、时间或文库制备或分析的复杂性。短读测序需要特殊的实验来检测表观遗传修饰，如甲基化，因此甲基化往往被忽略。随着PacBio最近的进展，表观遗传学现在可以免费进行标准运行，包括只有长读取才能访问的基因组困难区域。
堪萨斯城儿童慈善组织基因组医学中心主任、医学博士Tomi Pastinen说:“我们的目标是将测序从单纯的DNA解释扩展到DNA序列及其功能的综合测试——过去我们使用多个平台来实现必要的基因组表征。”“在HiFi-GS中使用Iso-Seq和直接甲基化检测系统应用RNA检测可获得有关基因调控和表观遗传状态的信息。我们现在正在对数百个未解决的病例进行综合分析，我们希望发现新的、以前未被发现的可能与罕见疾病有关的基因组变异。”
PacBio的Iso-Seq™方法读取完整的端到端RNA转录本，不像短链RNA测序方法测量小片段。全长RNA测序区分不同版本的基因，称为异构体，以捕捉其他方法所遗漏的生物学。儿童慈善基金会将采用Iso-Seq方法来描述可能与疾病相关的亚型。
PacBio和儿童慈善基金会有着长期的合作关系。去年，儿童慈善机构购买了四套新的Sequel IIe系统，以补充现有的两套PacBio系统。这些额外的系统有助于显著提高儿童慈善组织的大规模WGS能力，以探索传统技术有时会遗漏的难以解决和难以测序的基因组区域。通过这次新的合作，儿童慈善基金会将部署这些仪器，进一步研究甲基化和RNA测序的多组学方法。
