Qlucore推出下一代测序(上天)模块

Qlucore宣布Qlucore组学Explorer 3.3的beta版本。这包括一个全新的下一代测序(上天)模块,和一系列基本版本的新功能。

捷模块将使附加功能相关数据生成与门店技术将有可能交互和动态可视化分析和探索门店数据。

Qlucore组学Explorer是广泛使用的新一代生物信息学软件以其友好的用户界面和高级可视化功能。与Qlucore组学Explorer挥动模块现在可能的生物学家和研究人员不是数据分析专家探讨门店和数据,寻找新的答案,产生新的假设。

RNA-seq研究是最常用的技术之一,在现代遗传学和癌症研究,和捷模块使一个全面和同步视图表达水平和基因的位置。一个独特的灵活性是交给的用户可以执行统计检验在表达空间就是移动的滑块,观察基因组浏览器中的结果。

捷模块的主要组件之一是创新的基因组浏览器,结合动态过滤器,确保用户始终是可视化最有趣的基因组区域最小化需要缩放和滚动。

许多用户在捷空间现在禁止进行分析由于服务器和高性能计算机的要求。Qlucore介绍一个创新与假设自由预处理。工作分为两个阶段。预处理需要时间,但只做一次,可以运行在任何本地计算机或服务器运行Windows或Mac。可视化和分析作为第二阶段执行正常的电脑(PC或Mac),利用预处理信息。

捷模块的主要部件有:

•项目经理为项目设置和定义包含的文件和样品。

•简称为调用者indels建于变体和变异。

•交互式和快速基因组浏览器对很多样品跟踪每个样本

•一个基因组筛选控制组件动态过滤

工作流和数据存储

索引的项目文件和相关数据样本存储在本地用户的计算机安全的快速访问和交互性,而大文件如BAM文件可以存储在一个网络。

RNA-seq分析

可用的选项RNA-seq分析脱颖而出。利用现有功能的体验质量的表达数据,结合新的门店功能启用显著增加选项进行分析。

当RNA-seq项目启动,项目经理将(在预处理阶段)计算定量规范化表达水平以及基因组浏览器的数据做好准备。程序是建立无缝地处理信息从定量和基因组的观点。作为一个例子,用户可以定义不同的基因研究,想象在一个热图,然后研究这些基因在基因组浏览器。如果一个样本组选择或取消选择所有样品在两个地块将被更新和分析可以继续没有任何需求或重启。

数据和文件类型

一个参考基因组是强制性的。支持所有生物提供了一个参考基因组表达.fasta文件格式是可用的。

变量调用

变体调用者调用可以用内置的变体使用Samtools (http://www.htslib.org/)或用户可以加载一个VCF文件调用者从另一个变体。

过滤器

过滤器组件是灵活和让用户结合多个过滤器来选择相关区域分析。过滤器可以应用于计算值如读报道以及存在和具有特定名称的匹配。的一个例子是:创建一个组合过滤器等参数变异存在的VCF文件并命名为“a”并没有出现在VCF文件名为“B”和结合要求所有显示基地应阅读至少50的报道。

基因组浏览器

可视化选项和可能性的“做”选择是快速和广泛的互动基因组浏览器。选项的例子:

•显示一个或多个样本

•添加并显示任意数量的注释

•导航跟踪改进方向的三个层次(全基因组染色体和基因)

•跟踪所有接受数据类型显示例如删除和插入

•追踪编码区域,从GTF中提取的基因,内含子、外显子等文件

•搜索

•变焦

•填充控制要显示多少过滤基地确保边缘效应并不影响分析

•在选定的功能注释的详细信息

出口

•出口高质量的二维图形的基因组浏览器内容png, jpg, bmp、TIFF或pdf(矢量图形)。

•报告中的变量列表浏览器和相应的信息,比如床,Cytoband。HGVS发布(http://varnomen.hgvs.org)提供的字符串以及参考序列说明符失踪,蛋白质含量。

样品管理

•样品可以使用样本分组注释。

•主动/可见样品可以使用示例托管注释。

•进口样品(*注释文件。txt, * . csv)