罗氏分子系统研究小组使用454测序系统高分辨率HLA基因分型

在这项研究中,研究人员进行超深扩增子序列的特定HLA I和II类基因位点与基因组测序仪FLX系统并成功分配allele-level基因型使用Conexio基因组学开发的软件。研究结果为未来的研究有着重要的意义在多种人类疾病和组织移植。

HLA一级和二级基因适应性免疫反应中发挥重要作用。重要的是,他们的编码细胞表面蛋白质负责区分自我,可对细胞等抗原。例如,准确的HLA基因分型结果临床上重要hematopoetic干细胞移植(HSC)无关的捐赠者和接受者之间移植排斥的风险降到最低,移植物抗宿主病(GVHD)。准确的HLA基因分型研究也是至关重要的许多人类疾病。“特定的等位基因和单类I和II级位点与多种自身免疫性疾病密切相关以及某些癌症和传染病,”亨利说Erlich设计研究作者和人类遗传学部门主任罗氏分子系统。“高分辨率、高通量HLA打字会在这些大型研究协会研究非常有价值。”

准确的HLA基因分型结果高度多态的性质复杂的基因组区域。有数百种不同的等位基因序列在不同HLA基因类I和II级。当前的方法、基于sanger测序技术有限的能力来解决“阶段模棱两可”一般发生在许多位置,当个体杂合的非常接近。

“挑战是确定等位基因的多态序列一起去,”解释Erlich设计。“在我们的研究中,我们能够成功地分配allele-level HLA基因型在8个位点在48个人样本数据中产生一个基因组定序器FLX系统运行。长序列的丰富阅读让我们明确地分配HLA等位基因在一个更快的和成本有效的方式比传统的技术。我们也能够发现罕见变异,如non-transmitted孕产妇等位基因在scid(严重联合免疫缺陷综合症)样品,反映母体细胞的存在主题的循环。”

本月,454生命科学将推出最新的GS FLX钛设备和软件,提供增加阅读扩增子序列的长度和吞吐量。新工具将提高针对重测序研究,如HLA I和II型类,通过更多的完全覆盖位点更少的扩增子并提高灵敏度确定罕见变异和单体型。“我们的早期作品的GS FLX钛扩增子测序工具已经证明,我们现在可以类型更多的个人/运行和外显子/放大反应,“Erlich设计说。

“这项研究证明,454测序系统提供一个具有成本效益和可靠的选择为HLA输入当前的研究方法,”克里斯托弗·麦克劳德说,总裁兼首席执行官454生命科学。“这只会提高长阅读长度可用的最新系列的GS FLX钛设备和软件。”

有关454测序系统的更多信息,请访问www.454.com。