罗氏罗氏数组帮助揭开的秘密阴险的马铃薯枯萎病

育种者无法生产马铃薯品种仍然对这个阴险的疫病,恰当地称为植物(发朵)驱逐舰(phthora)。这fungal-like病原体是一种oomycete,一个真核藻类和硅藻靠风传播的孢子,迅速蔓延和转移的湿树叶发芽,杀死整个领域的土豆,西红柿,在几周内和其他植物。保守估计的马铃薯作物损失归因于晚疫病约16%(77亿美元)的全球土豆(每年472亿美元)(2)。这个模具和随后的基因组的测序分析将帮助揭示其生物和致病过程的细节,允许更多的可靠的快速发展,环保和经济上可行的管理策略以及洞察新的育种策略。

每年土豆产量(300吨)大大有助于全球粮食安全,仅次于小麦(630吨)和大米(608吨)(2)。虽然是很重要的基因识别问题负责感染,这是同样重要的识别产生抗药性的基因。

布莱恩·j·哈斯主要贡献者来自麻省理工和哈佛,指出,“罗氏服务生成的数据使我们能够识别关键基因在发病机理,描述在我们最近的自然出版马铃薯枯萎病基因组。特别是我们确定了大量所谓的效应基因的关键病机,先前未知的和非常具有挑战性的预测,因为他们的小尺寸和不同寻常的结构。”

主任资深作者乍得Nusbaum Broad研究所基因组测序和分析计划,补充说,“罗氏服务生成的数据,使我们能够及时识别这些基因和成本竞争力的方式。”

作者利用罗氏罗氏的灵活的阵列设计能力使用新基因组测序的数据来构建一个定制的基因表达微阵列,这有助于衡量基因水平变化之间的营养阶段和感染阶段。近3%的大约18000个基因在罗氏基因表达微阵列分析诱导期间至少两方面的感染。的诱导与功能之前属于基因家族的基因被认为与感染,如RXLR基因,这可能保持毒性抑制宿主细胞死亡。理解p . 5种基因负责马铃薯晚疫病,瓦解其遗传密码,将导致控制感染的方法来提高粮食产量,减少对全球农作物损失的影响。