释放信息发射SMIDSuite订阅服务

释放信息有限公司宣布推出SMIDSuite;套件包含小分子相互作用的小分子信息数据库(先进)SMIDBlast和先进的基因组。

“计算药物筛选有遭受非理性繁荣,”埃里克·安德雷德说,释放信息的首席执行官。

“太多的假阳性返回,以生成in-silico预测数量。科学家们对质量。”

“SMIDSuite是其他方法显著提高交付使通过初审的高度可能的小分子配体为实验做好准备,与每个配体排名验证测量的信心。”

SMIDSuite的核心是小分子的相互作用数据库(先进)。萧述三是一个扩大数据库的小分子-蛋白质域相互作用来源于蛋白质数据银行3 d结构记录包含超过230000个实验观察到的域/小分子的相互作用。

通过缩小protein-ligand domain-ligand交互,萧述三能够集群类似的互动和展示微妙的绑定模式不明显,特别是在人类蛋白质的情况下,蛋白质可能或者拼接。

释放信息提供免费,无限制地小分子相互作用的数据库(先进)浏览器和FTP站点注册学术的客户。

SMIDBlast建立在先进的基础交互数据提供一个更好的方法来预测小分子结合位点对查询序列。

SMIDBlast NCBI敏感Reverse-PSI爆炸计划的运行使客户能够匹配一个感兴趣的蛋白质序列对越来越多的图书馆3000域定义超过5000重大生物小分子来预测蛋白质绑定网站查询。

SMIDBlast显示记录存在于萧述三支安打的交互,并突出预测与小分子氨基酸基于交互观察到类似的保守域上发现的3 d结构。

SMIDBlast还提供了一个简易的小分子预测列表绑定查询分为重叠绑定网站查询序列。

“N1禽流感病毒的名称,H5N1,代表“neuramidase1”,和部分恐慌可能的流感大流行起源于突变报道对达菲耐药^®和乐感清(Relenza)^®博士表示,克里斯托弗·霍格释放信息的首席科学官。

滑铁卢大学“本科学生使用SMIDBlast这个突变蛋白目标检索5秒的高得分小分子,“霍格博士解释说。

他补充道,“然后进一步drug-docking禽流感neuramidase的典范,她表明化合物学者发表的1998年(PMID 10547289)和1999年(PMID 10547289)超过常规的治疗。”

SMIDBlast旨在保护用户免受over-prediction和假阳性占因素被忽视的其他类似系统。

这些因素包括——传递对准误差、非生物小分子,结晶条件的工件,和糟糕的假设关于离子结合位点,不正确的处理复杂的碳水化合物。

此外,SMIDBlast特性改进的序列搜索敏感性和特异性结合位点重叠和残留信息,和一种手段小分子的结果,反映了已知protein-ligand偏好。

自由释放信息提供了SMIDBlast web应用程序注册的学术和商业用户每月三个查询。额外的使用需要SMIDSuite许可证。

SMIDGenomes是一个数据库包含超过1200万个预测小分子相互作用生成近1600完整的基因组。的小分子结合位点SMIDGenomes注释人类RefSeq蛋白质的50%。

SMIDGenomes提供了一个界面来浏览、搜索或比较预测小分子相互作用的“organism-specific”或cross-genomes方式。

先进的基因组是由运行在NCBI SMID-BLAST冗余(NR)序列数据库,与基因组从NCBI RefSeq数据库获得信息。

小分子的重叠打了5种不同的生物可以比较研究潜在的药物靶点,药物对所有物种大上市,具体差异小分子受病原体导致肺结核或炭疽等不同的菌株。

“我们知道我们是正确的,当宿主-病原体比较细菌都亮起了重要的真阳性,广谱抗生素,“霍格博士说。

”Borrellia burgdorferi,莱姆病病原体——一个非常困难的有机体中创建淘汰赛,我们想出了一个简短的列表,消除98%的淘汰赛工作必需的。”

“只剩下31基因为目标的病原体。绑定的网站中没有找到这些目标主机上人类基因组,因此更有可能导致没有副作用的治疗在临床试验中迟到。”

每个萧述三基因组记录是基于一个高质量的对齐到一个3 d结构映射绑定网站信息为每个小分子氨基酸序列网站查询。

这种先进的基因组内容代表预测化学交互绑定记录的基础。

“这个数据的另一个用途是比较基因组SNP网站遗传疾病潜在的小分子扶少团团员,“霍格博士补充道

”以及途径和交互网络分析找到化学遗传学控制点。”

释放信息提供免费,无限制地SMIDGenome样品生物——酿酒麦酒。无限制的访问数据与其他生物需要SMIDSuite许可证。