Oncomine™肺cfDNA化验
介绍
癌症研究人员知道每个肿瘤都是不同的。虽然抽样组织仍然是标准做法,液体活检样本可能有几个优势:1)它们使序列分析的多个样本相同的主题;b)他们可能使更好的分析肿瘤的异质性;c)他们可以被收集在组织样本的情况下无法收集,很经常的肺癌样本;和d)微创并以更低的成本获得比组织样本。感兴趣的是源于肿瘤血液cfDNA承担,叫做循环肿瘤DNA (ctDNA)。ctDNA是罕见的,是DNA突变的比例低(0.1 -1.0%)在典型样本。
释放潜在的液体活检样本,平移和临床研究人员需要一个门店分析,使multi-biomarker分析在低突变频率检测原发性肿瘤司机和电阻突变。Oncomine肺cfDNA分析引入了一个工作流的隔离cfDNA从一个血液样本随后使用离子S5™XL系统变异分析,调用插件和一个训练有素的变体在洪流™软件套装。
方法
隔离cfDNA从10毫升血液样本,样本是离心机分离出血浆分数。使用应用生物系统公司™MagMAX™游离DNA隔离设备手册协议,cfDNA从血浆中恢复过来。从样品开始,5 - 20 ng cfDNA获得健康的组织样本和5 - 100 ng cfDNA从晚期肺癌样本。从等离子体净化cfDNA放大使用Oncomine肺cfDNA化验后标准库建设为用户指南中概述。
分析
测序数据分析使用洪流套件软件版本5.2或更高版本cfDNA变体调用插件的参数优化Oncology-Liquid活检的应用程序。
结果
Oncomine肺cfDNA测定目标关键基因在非小细胞肺癌:碱性,BRAF,表皮生长因子受体,ERBB2,喀斯特,MAP2K1,满足,国家管制当局方面,PIK3CA ROS1, TP53。使用匹配从晚期非小细胞肺癌组织和血液样本,观察高相关性之间的变异称为formalin-fixed,石蜡包埋(FFPE)研究样本和cfDNA从等离子体(表1)。还有一个更高的等位基因的分数FFPE肿瘤样本相比,测量了在等离子体变异来源于癌细胞。,生殖系变异在MET-T1010I料接近50% FFPE和等离子体两种情况。
表1。突变FFPE样本之间的相关性和cfDNA1。
与平均敏感度为90%,特异性为98%,观察Oncomine肺cfDNA测定的性能在0.1% LOD使放大更加困难的研究样本(表2)。除了这些测量预期变量的控制样本,实际cfDNA样品测试不到一个假阳性8多库,显示很高的特异性cfDNA称低频变异。来验证这个性能,Oncomine肺cfDNA库生成的工程控制地平线发现™作为输入。在表3中数据显示变异频率由变量调用者调用分析插件8体细胞变异重组为地平线发现™多元cfDNA参考标准设置时使用Oncomine肺cfDNA化验分析。
表2。灵敏度和specificty o。1% frequency and 0.5% frequency with engineered control samples.
表3。变异从多路复用cfDNA参考标准集
结论
Oncomine肺cfDNA试验包含35在11个基因扩增子覆盖> 150 SNV热点。再加上离子S5系统,本研究分析使高效multi-biomarker cfDNA血液分析。灵活的检测与高特异性和灵敏度低至0.1%,临床癌症研究人员可能会很快发现ctDNA更好地研究电阻突变出现。
