随机适配器减少偏见在小RNA-Seq库

过去的十年见证了发生爆炸的兴趣分类的小RNA体验动植物物种,在理解¬小RNA的生物功能。小分子rna不仅包括小分子核糖核酸,而且piRNAs和其他类型的内源性小分子rna。

密切相关的小分子rna的区别很难使用微阵列-和qPCR-based方法,由于不完全匹配的小分子rna可能仍然能够杂交PCR引物或固定探头。这些因素导致意识到下一代测序(上天)是最实用的方法对大规模小RNA研究旨在识别和枚举小RNA在不同物种和组织。门店提供优势的敏感性、特异性和最大化数据采集和最小化成本的能力通过使用多路复用策略同时允许许多样品测序。

挥动小RNA分析方法并不是没有自己的挑战。小核糖核酸库准备sRNA-Seq被发现含有偏见,导致库不准确代表相对水平不同的小RNA的RNA样品开始。多努力进入识别偏差的原因,和现在人们普遍认为,偏见在sRNA-seq图书馆主要是引入的T4-phage RNA连接酶小RNA的结扎步骤期间使用图书馆准备(2、3、4),门店库是由结扎适配器的寡核苷酸的5’和3’末端目标核酸。适配器组成序列需要放大的图书馆使用通用的正向和反向引物PCR,以及序列需要将目标核酸与捷测序仪器(如flowcell Illumina公司测序仪)和可选地,包括条形码序列允许多路复用。直接测序小RNA,适配器添加小分子RNA的人口使用RNA连接酶来源于T4噬菌体(Rnl1 5适配器结扎和Rnl2 3适配器结扎)。理想情况下,RNA连接酶将显示附加适配器没有偏好不同的小分子RNA序列,但现实是,RNA连接酶显示sequence-specific偏差,导致优惠包含的某些小分子RNA sRNA-seq库,以牺牲别人。Bioo科学有重击¬开一个新颖的解决这个问题,它允许有意义的结果得到比较小RNA样本之间的配置文件。