PCR:“主力”技术
聚合酶链反应(PCR)被认为是二十世纪后期的一个生物技术的突破,继续扮演不可或缺的角色在各种学科的科学研究。
在这次采访中,188金宝搏备用与1月Hellemans博士,首席技术官兼联合创始人CRO Biogazelle,以及MIQE指南的作者之一,学习为什么pcr技术是公司的“主力”技术。Hellemans博士也概述了特定研究项目例子PCR仪器,如immuno-oncology研究和COVID-19和讨论钟声PCR Biogazelle补充其他技术的组合。
莫莉·坎贝尔(MC):为我们的读者可能不熟悉,请您能讨论工作Biogazelle进行阴极射线示波器,以及为什么Biogazelle PCR技术是一个有价值的工具吗?
Jan Hellemans (JH):Biogazelle CRO专门从事高价值的应用程序支持医药研究、临床试验和诊断测试开发。小分子的加速发展,RNA靶向药物和过继细胞疗法,我们应用一套基因组和转录组技术,发现和验证RNA生物标志物,并评估疗效、安全性和毒性。
RNA序列工作流通常用于项目的发现阶段,利用宝贵的临床样本识别候选生物标记。然而,主力技术在我们实验室定量PCR和液滴数字PCR (ddPCR)。他们是用来支持所有研究以及测量特定基因或其他有针对性的分析。
主持人:有很多不同类型的PCR技术是可行的。你能讨论为什么你特别采用ddPCR qPCR ?
JH:对我来说,选择一个技术不确定赢家。它是关于理解内在的优点,挑战和不同技术的限制,市场上提供或开发的房子。话虽如此,PCR显然是一个墙角石技术在大多数如果不是所有分子实验室。分析我们为客户做的类型主要包括量化的某些序列,基因的表达、转基因的拷贝数或者病毒载量。qPCR和ddPCR显然是选择的去量化技术和有限数量的目标。
主持人:你能讨论的示例项目,承担使用ddPCR qPCR ?
JH:项目的范围,我们应用qPCR或ddPCR相当广泛。COVID-19危机开始,比利时政府要求Biogazelle利用其功能,并提供测试支持国家筛选需要的能力。我们的专长qPCR高通量测试、试验验证和相关仪器的使用让我们迅速采取行动和接管的相当一部分国家测试能力。针对高通量测试能力的必要性以及可靠的和敏感的检测SARS-CoV-2, qPCR是清晰的技术选择。
Immuno-oncology领域,近年来发生了爆炸的兴趣,大量的临床试验正在进行。过继细胞疗法通常利用病毒载体转染,需要验证没有复制主管lenti或逆转录病毒和监控向量拷贝数(衡量CAR-T细胞在体内)的持久性。都需要一个敏感、准确量化的各自的DNA序列。在实践中,使用qPCR和ddPCR,选择依赖于赞助商的特定需求。
对药物发现的早期阶段,我们已经开发出一种独特的专业知识特别筛选反义寡核苷酸的潜力减少目标基因的表达。对于这些,高通量筛选方法已经开发出来的成千上万的qPCR反应必须执行一个检查。同时,大样本数量和少量的基因感兴趣的一个完美匹配qPCR的优势。
主持人:请您能和我们谈谈技术,如qPCR和RNA-Seq是如何共存在你的投资组合吗?
JH:正如之前提到的,每种技术都有它的地方。研究问题决定了最适合的方法。大量的量化序列,RNA-seq通常去技术。为更有针对性的分析,qPCR ddPCR,因为他们的低成本和样品处理量大,更适合于。一般的经验法则,RNA-seq可以被认为是一个早期发现工具而qPCR和ddPCR将是一个更好的匹配后期确认或测试需求。
主持人:你遇到的最大挑战是什么作物,和如何努力克服它们呢?
JH:Biogazelle是一个专业服务提供者。这通常意味着我们不能依赖现成的解决方案,但是必须开发量身定制分析和方法。卓越的灵活性和科学结合我们的大多数客户所需的质量保证是一个重大的挑战。一起工作在一个项目在不同的部门(科学和量子力学,实验和数据分析)和训练的人,理解不了这些需要的是我们如何使这一切成为可能。
主持人:PCR已经证明COVID-19测试的仪器工具。请您能告诉我们Biogazelle在这个空间的工作呢?你如何确保在测试过程中实现效率和准确性?
JH:重要的是要澄清的上下文中,准确性SARS-CoV-2测试是指不敏感性和量化;我们不感兴趣的精确量化患者的病毒载量,但建立病毒存在与否。从这个角度来看,我们需要能够检测低病毒数量由于病人在早期感染的病毒载量很低但以后将不可避免地成为病毒的发射器。我们专用的很多努力优化提取过程和检测方法,提高测试灵敏度。在这个过程中,等方面的仪器和试剂以及整体测试效率必须被考虑。巨大的时间压力下做这一切都是我们面临的最大挑战之一,但我很自豪地说我们设法克服。
Jan Hellemans莫莉坎贝尔说,科普作家、技术网络。188金宝搏备用
可以从Bio-Rad ddPCR是一个创新的技术。如果你感兴趣其他专家是如何利用他们的研究,和什么ddPCR系统可用浏览这里。
